En se focalisant sur les « espaces du patrimoine naturel littoral, le programme Gouvernapat vise à évaluer si les espaces de nature protégés, délimités et construits par l’expertise écologique, peuvent faire l’objet d’une patrimonialisation, c'est-à-dire être considérés par les différentes parties-prenantes (internes ou externes aux territoires) comme dignes d’être préservés, valorisés et transmis aux générations futures. En prenant appui sur le processus de patrimonialisation, il s’est donc agit :
 

- d’observer, analyser et modéliser la fabrique du patrimoine dans les espaces de nature à l’aune des dynamiques historique, contemporaine et prospective des littoraux, et des pratiques et représentations de l’espace et du patrimoine des acteurs ;
- d’identifier les facteurs déterminants et innovants en matière de gestion écologique, patrimoniale et touristique et notamment la prise en compte des enjeux de protection de la biodiversité, des données du global change et des scénarii de développement du littoral - à différentes échelles géographiques - dans les schémas et dispositifs de gestion et de valorisation ;
- de contribuer à une meilleure connaissance de ces dispositifs et de la gouvernance des espaces protégés en évaluant d’une part, leur caractère transférable et, d’autre part, leur contribution au développement durable des territoires littoraux.

Terrains d’expérimentation : 4 études de cas en France métropolitaine (baie de Somme, Parc naturel régional de la Narbonnaise, marais de Brouage) et en Guadeloupe (Grand-Cul-de-Sac-Marin) privilégiant les « zones humides littorales » et leurs « aires marines attenantes », considérant ces espaces comme emblématiques des enjeux de protection de la biodiversité tout en faisant l’objet d’usages encore diversifiés et souvent conflictuels.