Jusqu’alors absente des programmes scolaires du secondaire, la notion de conflit y fait une entrée remarquée mais dispersée. Les raisons de sa tardive apparition sont à chercher dans un partage des tâches entre géographie et histoire, la première plantant le décor dans laquelle la seconde fait jouer les acteurs. Par ailleurs, le couple scolaire histoire-géographie ayant été institué pour établir une identité nationale et un lien civique fondés sur un passé et un territoire communs, les lignes de fracture de la société française n'y ont pas été privilégiées. L’apparition du conflit signale par conséquent un changement dans la conception institutionnelle du rapport entre finalités et contenus d'enseignement. La géographie scolaire continue d’être une formation à la citoyenneté par l’étude du monde dans lequel les (futurs) citoyens auront à faire des choix et à prendre des décisions. Mais les programmes incluent désormais des questions en débat dont la géographie contribue parmi d’autres, à éclairer les termes (l’enjeu énergétique, la vulnérabilité des sociétés, la mondialisation et la diversité culturelle, etc.). Le conflit tient une place médiane dans ce nouveau cadre, entre approche renouvelée de thèmes classiques (conflit géopolitique) et formation aux compétences civiques exigées par les évolutions sociales et politiques (conflit d’usage, conflit de valeur).