Les zones estuariennes et côtières sont sous pressions locales (activités portuaires, dragages, aménagements, contaminations chimiques) et globales (diminution des débits fluviaux pourvoyeurs de nutriments, augmentation de la température et du niveau des eaux). Ces pressions font courir à terme un impact sur leur biodiversité et, par conséquent, sur leur potentiel de résilience aux perturbations. Les fonctions écologiques peuvent en être affectées, particulièrement le renouvellement des populations marines à travers la fonction de nourricerie de ces zones. Ces dernières sont essentielles pour les stades juvéniles de nombreuses espèces d’invertébrés et de poissons dont certaines sont exploitées par pêche. C’est le cas notamment d'espèces bentho-démersales dont l’écologie alimentaire est étroitement liée aux communautés benthiques hébergées.