La tendance mondiale actuelle montre une augmentation de l'extraction, de la consommation et du rejet des ressources naturelles, entraînant de graves impacts environnementaux qui perturbent les sociétés humaines et menacent l'habitabilité de la Terre. Il devient donc crucial de repenser le métabolisme des sociétés et des territoires, régis par des processus sociaux, économiques et politiques. Ce travail propose une analyse interdisciplinaire du métabolisme, en croisant diverses écologies pour mieux comprendre les relations socio-écologiques, tout en dépassant le constructivisme social et l’essentialisme naturaliste. Il critique les approches technocentrées et anthropocentriques, et envisage les territoires comme des socio-écosystèmes intégrant des dimensions physiques, sociales et culturelles. La démonstration se divise en deux parties : la première explore l'importance de l’interdisciplinarité pour analyser le métabolisme urbain, en mettant l’accent sur les inégalités métaboliques et les infrastructures. La seconde examine les flux de ressources et l’organisation socio-politique des territoires, à travers des études de cas urbains comme Nantes-Saint-Nazaire et Göteborg, et les territoires insulaires des Comores et de la Nouvelle-Calédonie. Ces situations révèlent les tensions et contradictions de la mise à l’agenda de l’économie circulaire, et des vulnérabilités liées à la circulation de la matière. Trois enseignements clés émergent : l’interconnexion des flux, l’importance du profil métabolique et les frictions épistémologiques. Le mémoire propose également des pistes de recherche futures, comme l’analyse historique des infrastructures et l’étude des luttes socioenvironnementales.