La création d’Aires Marines Protégées (AMP) fait l’objet d’oppositions qui constituent un enjeu pour leur pérennité et leur efficacité. L’article s’appuie sur l’analyse transversale de treize AMP, situées sur cinq continents, et révèle l’importance des conflits dans le processus d’ancrage territorial des AMP. Basée sur une analyse documentaire, l’observation in situ, des entretiens auprès des parties prenantes (201 au total) et la participation à des temps forts de concertation, l’analyse comparative a permis de constater l’omniprésence de conflits aux différentes étapes de l’institutionnalisation des AMP, puis de les catégoriser. Il ressort que la grande majorité des conflits ne confronte pas les promoteurs de l’AMP à des opposants à la conservation : la protection de l’environnement rassemble, c’est son mode de gestion qui divise. Bien que les contextes socio-culturels soient divers, et que les statuts, taille et type d’AMP soient différents, des facteurs récurrents renforçant les conflits ont été identifiés. Après les avoir décrits, nous nous intéressons en particulier aux plus discrets d’entre eux, traduisant l’insuffisante prise en compte des territorialités dans l’institutionnalisation de l’AMP, affectant l’acceptation du dispositif par les acteurs locaux. Mais l’article présente aussi, à partir d’exemples, les leviers d’innovations qui sont ou peuvent être activés dès lors que les conflits sont apprivoisés.